分子生物学专业蛋白数据库解析

　　PIR

　　PIR(Protein Identification Resource)为PIR-International 这个大分子序列资料收集中心所维持的蛋白质序列鉴定数据库。由美国国家生物医学研究基金会(National Biomedical Research Foundation)维护。是美国最主要的蛋白序列数据库，为世界两大蛋白序列数据库之一。此中心包括National Biomedical Research Foundation (NBRF) 的Protein Information Resource (PIR)，日本的Japan International Protein Information Database及Martinscried Institute for Protein Sequence (MIPS)。搜寻的程序可自NBRF-PIR数据库网页取得。

　　PDB/RCSB (Protein Database)

　　Protein Data Bank (PDB)是美国RCSB (Reserach Collaborotory for Structural Bioinformatics;由Rutger大学、位于UCSD的San Diego Supercomputer Center及National Institute of Standards and Technology所组成)所维持的蛋白质数据库，收集了包括以x-ray diffraction及NMR取得的生物大分子3D结构信息。在2002年9月，它包含有16823种蛋白，761种蛋白核酸complex，1089种核酸及18种碳水化合物的3D结构。PIR亦自PDB选取部分结构成立NRL-3D数据库，使用ATLAS这种multi-database information retrieval program进行搜寻大分子序列数据。PDB除了有自行开发之软件外，亦可连接至主要之crystallograph, NMR, modeling and simulation软件/网站。

　　SWISS-PROT

　　SWISS-PROT 数据库是最齐全的注释精炼的蛋白序列库，建立于1986年，1987年起由日内瓦大学(University of Geneva)医学生物化学系和 EMBL 数据馆(即现在的欧洲生物信息研究所EBI)共同维护。是欧洲最主要的蛋白序列数据库，世界两大蛋白序列数据库之一。SWISS-PROT由EMBL核苷酸序列库翻译而来，附件TrEMBL数据库含有126,995条蛋白质序列，包括34,178,645个氨基酸残基。每条蛋白质序列条目按照各种数据行的格式书写排列。

　　ExPASy

　　ExPASy 是由位于瑞士日内瓦的 Swiss Institute of Bioinformatics 所建立，为全世界最重要的蛋白质资料库之一，也是GCG 最主要的蛋白质资料来源。主要内容包括蛋白质序列，构造及2-D PAGE (Two-dimentional polyacrylamide gel electrophoresis ) 的多个重要资料库，以及蛋白质序列和构造工具，FTP Server 和相关讯息。有许多用于分析上所需的工具，包括蛋白质功能预测、序列搜寻及比对，二级，三级和四级结构的预测等等。

　　ExPASy Proteomics tools包括Protein identification tools ，Protein characterization tools，以及Sequence analysis tools三大部分。